לתלמידי תואר שני בחוגים נבחרים במדעי הטבע, ניתנת אפשרות להתמחות במדעי הסביבה. ההתמחות מהווה 12 נ"ז מלימודי המוסמך (על פי חוקי האוניברסיטה) ותעניק לכל הסטודנטים ידע בתחומי הסביבה השונים. ההתמחות תופיע בתדפיס הלימודים. תלמידים מהחוגים הבאים זכאים להירשם להתמחות:
- מדעי הצמח
- אוקיאנוגרפיה
- גיאולוגיה
- מדעי האטמוספירה
- אקולוגיה.
לכל חוג יש רשימת קורסים מעט שונה.
פירוט ניתן למצוא באתר החוג למדעי הסביבה: התמחות במדעי הסביבה